需要注意的是，具体的应急疫情处理流程可能会根据实际情况和当地政府的要求进行调整。
2021年杭州富阳区秋季开学后的应急疫情处理流程如下：
1. 提前做好防控准备：学校应提前做好疫情防控准备工作，包括准备防疫物资、确保通风和卫生设施的正常运行等。
2. 每天做好学生体温监测：学校要定期对学生进行体温监测，确保学生身体状况正常。
3. 加强学校卫生消毒工作：学校要加强对教室、办公区域、公共区域等的定期消毒，保持环境的清洁和卫生。
4. 学生出现疑似症状时的处理：如果学生出现发热、咳嗽等症状，学校应及时隔离该学生，并通知家长及时带其就医。
5. 暂时关闭或调整课程安排：如果学校出现聚集性疫情或疫情蔓延趋势严重，学校可能会暂时关闭或调整课程安排，以控制疫情的扩散。
6. 与卫生部门联动：学校需要与当地卫生部门密切合作，及时汇报疫情情况，并按照卫生部门的要求进行相关处理。
7. 加强宣传教育：学校应加强疫情防控的宣传教育工作，普及防控知识，确保学生和家长都能够正确应对疫情。
8. 学生返校后的教学管理：学校要落实好学生返校后的教学管理措施，确保学生的安全和健康。
需要注意的是，具体的应急疫情处理流程可能会根据实际情况和当地政府的要求进行调整。