在细胞质中，丙酮酸和辅酶A结合形成丙酮酸辅酶A，然后通过一系列酶的作用转化为乙酰辅酶A。接下来，乙酰辅酶A与肌酸磷酸在细胞内发生反应，生成磷酸肌酸和丙酮酸。而该丙酮酸通过羧酸转运体进入线粒体内。需要注意的是，尽管丙酮酸的转运是被动的，但运输过程中需要ATP的参与，因此丙酮酸进入线粒体的方式并不是完全的主动运输。
丙酮酸进入线粒体主要通过羧酸转运体（carnitine transporter）介导的被动转运方式。在细胞质中，丙酮酸和辅酶A结合形成丙酮酸辅酶A（acetyl-CoA），然后通过一系列酶的作用转化为乙酰辅酶A（acetyl-CoA）。接下来，乙酰辅酶A与肌酸磷酸（creatine phosphate）在细胞内发生反应，生成磷酸肌酸（creatine phosphate）和丙酮酸。而该丙酮酸通过羧酸转运体进入线粒体内。需要注意的是，尽管丙酮酸的转运是被动的，但运输过程中需要ATP的参与，因此丙酮酸进入线粒体的方式并不是完全的主动运输。